Я запускаю FindBugs из задачи Ant.У меня есть файл настроек .fbprefs, который я хочу использовать FindBugs, чтобы отчет об ошибках, созданный Ant, совпадал с отчетом, созданным Eclipse.
К сожалению, задача муравья основана на файлах фильтров, см. http://findbugs.sourceforge.net/manual/filter.html
Вы должны начать использовать файлы фильтров, а не конфигурацию плагина Eclipse. Проверьте этот ресурс: http://docs.codehaus.org/display/SONAR/Project+settings#Projectsettings-Excluderesources
Это должно помочь вам создать фильтр, который соответствует конфигурации вашего плагина Eclipse FindBugs.