Я не думаю, что есть «лучший» вариант, конечно, не тот, который лучше всего подходит при любых обстоятельствах.
Лично мне бы администратор связал с основным сайтом, так как он поможет вам синхронизировать изменения доступа к данным в вашем веб-приложении с изменениями в вашей системе администратора. При развертывании новых версий вы знаете, что вы развертываете сайт администратора и основной сайт, которые работают вместе. Если у вас есть два, у вас есть два проекта для обслуживания, два для развертывания, и вы можете столкнуться с проблемой совместного использования кода между ними.
Возможно, вы захотите разделить сайты более строго, хотя, возможно, для вас лучше всего два сайта. Если у вас нет веских причин для разделения, то иначе вы не потеряете вышеуказанные преимущества.