Вы можете использовать функцию Command для запуска любой внешней команды, которую вы запускаете через Popen, и вы можете использовать функцию AlwaysBuild , чтобы ваша команда всегда выполнялась, даже если целевой файлсуществует.Scons не любит циклы зависимостей, поэтому оставьте исходный список пустым.
myfile = env.Command('myfile.out', [], 'echo Hello world > $TARGETS')
env.AlwaysBuild(myfile)
В вики scons также есть рецепт PhonyTargets , который позволяет легко настроить множество простых команд.