Используйте 64-битные целые числа (java: long, c / c ++: long long).
У вас, вероятно, недостаточно памяти для хранения 2 ^ 63 узлов графа, так что вам больше не понадобится.
Помните: если каждый узел хранит свой собственный индекс, использование 32-битной индексной переменной потребует 16 гигабайт памяти, прежде чем вы получите первое столкновение.