Была такая же проблема. решается путем помещения функции на родительскую страницу, как показано ниже:
<script>
$(document).ready(function(){
function call_colorBox(params) {
$.colorbox(params);
}
})
</script>
затем вызовите функцию colorbox в вашем iframe, используя:
<script>
top.parent.call_colorBox({ width: "80%", height: "80%", iframe: true, href:"http://www.google.com" });
</script>