Ваши замены не являются глобальными заменами - они заменяют только первый экземпляр шаблона в строке.Чтобы сделать глобальную замену, добавьте ag после последней косой черты, например:
$description =~ s/\r//g;
$description =~ s/\n//g;
Вы также можете объединить две замены в одну подстановку, используя набор символов:
$description =~ s/[\n\r]//g;