Вы можете подключиться к двум базам данных с помощью SqlCeConnections, а затем использовать команду GetSchema для получения данных о структуре таблицы / столбца. Затем вам нужно будет просмотреть содержимое таблиц и убедиться, что все поля совпадают.
Рассматривали ли вы использование каких-либо версий в ваших базах данных со списком совместимости? Например, в вашей базе данных есть таблица Version с одним столбцом / строкой номера версии, скажем, VersonNumber. Тогда ваше приложение знает, что, скажем, версии 1.05 - 1.09 все совместимы друг с другом, а 1.10 - нет, и т. Д. Если эта таблица Version полностью отсутствует (или содержит неверный номер версии), то вы автоматически узнаете, что она недопустимый файл .sdf для вашего приложения.