Как я понимаю, вы хотите знать, как узнать, какие флаги были в форме.
Добавьте на свою страницу скрытые элементы для каждого флажка, который будет указывать на наличие флажка.
Помимо двух чрезвычайно похожих моделей, как MVC 3 должен правильно с этим справляться?
Вам следует создать частичное представление.
ADD
Что касается других предложений, наилучшим и БЕЗОПАСНЫМ способом является проверка (в действии получения), какие флаги может изменить текущий пользователь (его права) и чем изменить его в базе.