Я не уверен, какие именно файлы должны находиться под контролем версий, так как я не использую XCode, но вы, вероятно, можете узнать, выполнив «чистую» операцию или как там она вызывается в XCode, чтобы удалить все артефакты сборки. Осталось, вероятно, то, что вам нужно поставить под контроль версий.
После этого, если вы обнаружите, что определенный файл XCode изменяется каждый раз, когда вы делаете коммит, и вы не верите, что изменяете настройки проекта, то это может быть файл "рабочей области", который не стоит хранить под контролем версий, и вы следует добавить его в список игнорируемых файлов: bzr ignore FILE
.