Требование, которое я меньше всего понимаю, это ваша ссылка из script_match на статью, верхний и нижний колонтитулы. Это должно быть то, что вы хотите, если я правильно понимаю.
SELECT tf.html_embed_before
, sf.path
, tf.html_embed_after
FROM type_files AS tf
INNER JOIN script_files AS sf ON tf.type = sf.type
INNER JOIN script_match AS sm ON sf.Id = sm.file_id
WHERE sm.ap_id IN
(
SELECT a.head
FROM article AS a
WHERE a.id = @yourId
UNION ALL
SELECT h.head
FROM header AS h
WHERE h.id = @yourId
UNION ALL
SELECT f.head
FROM footer AS f
WHERE f.id = @yourId
)
MySQL JOIN документация
Статья Джеффа Этвуда о ужасах кодирования в Joins