Я не совсем понимаю ваш пост, но похоже, что вы ищете какой-то код, чтобы проверить, существует ли файл на удаленном FTP-сервере, верно?Если это так, то вам необходимо выполнить следующие действия:
Подключиться к серверу и выполнить аутентификацию.
Перейдите в каталог на удаленной системе
Выполнение списка каталогов удаленной системы
Проверьте, совпадает ли какой-либо из файлов в списке каталогов с файлом, который вы собираете.
Я успешно это сделал, используя Secure FTP Factory в http://www.jscape.com/products/components/java/secure-ftp-factory/
Пример кода
Ftp ftp = new Ftp(hostname,username,pass);
ftp.connect();
// get directory listing
Enumeration listing = ftp.getDirListing();
// enumerate thru listing
while(listing.hasMoreElements()) {
FtpFile file = (FtpFile)listing.nextElement();
// check to see if filename matches
System.out.println("Filename: " + file.getFilename());
}