Конвертировать DICOM в TIFF

Question

Я новичок в Python, так что простите мое невежество, если у меня нет всей информации правильно. Я пытаюсь растр через каталог и конвертировать все файлы DICOM внутри в файлы TIFF. Я включил функцию поиска, но мне трудно сохранять изображения в формате TIFF. Я использую библиотеки pydicom для чтения в DICOM и манипулирования информацией заголовка. Кроме того, я попытался использовать функцию save_as в pydicom для сохранения в TIFF, но я бы предпочел использовать функцию сохранения в PIL для правильной настройки сжатия TIFF. Я думаю, проблема в том, что я не могу / не понимаю, как извлечь фактические данные изображения из DICOM и поместить его в новое изображение. Любая помощь будет принята с благодарностью ... Приветствия

Python 2.7 PIL 1.1.7 Pydicom 0,9,6

Answer 1

Некоторое время назад нашел онлайн-ответ на тот же запрос, хотя я не помню сайт, но, поскольку я применил его к своему коду, поделился им и с другими:

 import pylab
 import dicom
 ImageFile=dicom.read_file(<SourceFilePath>) #Path to "*.dcm" file
 pylab.imshow(ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone) #to view image

или, еслиВы хотите сохранить изображение, а затем использовать: pylab.imsave('<DestinationFilePath>',ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone)

. По умолчанию imsave сохранит изображение в формате .png .Вы можете указать желаемый формат в imsave(), если он поддерживается.

Надеюсь, это полезно.

Answer 2

Если вы знаете, как использовать PIL для сохранения данных изображения как .tiff, , этот пример должен помочь вам передавать данные изображения от pydicom до PIL (есть больше здесь в комментариях ).