Нет.
Здесь не проблема хранения, это ваша стратегия выравнивания.
Как и где вы храните сведенные данные, это второстепенная проблема, обратите внимание, MongoDB - это база данных документов, которая в любом случае не является плоской.
Как только вы получите данные в форме, подходящей для вашегоЗатем посмотрите на стратегии хранения, MongoDB может подойти, или вы обнаружите, что что-то, что позволяет легко использовать функциональность типа Map Reduce, будет лучше для анализа ... (HBase, например)