Было бы полезно, если бы вы объяснили, как у вас настроен файл Flash, потому что на временной шкале вы можете добавлять звук в слой несколькими различными способами, причем потоковая передача будет одной. Так, например, если у вас видео заблокировано для кадров, а звук воспроизводится в потоковом режиме, то, скорее всего, он очень быстро выйдет из синхронизации.