Элементы в gadem-объекте с этими слотами находятся в слоте alignList. Похоже, что в пакете rGADEM не так много описанных функций экстрактора, поэтому комментарии @Martin Morgans верны, но не совсем полезны. Я не получил большой помощи от showMethods( classes="gadem")
. Если вы хотите отобразить первый объект класса выравнивания в слоте alignList «gadem», введите:
gadem[[1]]@alignList[[1]]
Количество таких объектов можно получить с помощью:
length(gadem[[1]]@alignList)
Если вы хотите сохранить их в двоичном файле R, чтобы они могли быть load
позднее, вы должны использовать что-то вроде:
algns <- gadem[[1]]@alignList
save(algns, file="testgadem.rdta")
Используя пример из статьи «Обнаружение и анализ мотивов последовательности ДНК: пакет rGADEM». Арно Дройт и Рафаэль Готтардо могли бы извлечь элементы alignList в обычный фрейм данных с помощью этого цикла:
dfrm <- data.frame( Seq=rep(NA, 54), chr=NA, start =NA, end =NA, strand=NA,
seqID=NA, pos=NA, pval =NA, fastaHeader=NA)
for (i in 1:54) { dfrm[i, "Seq"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@seq
dfrm[i, "chr"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@chr
dfrm[i, "start"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@start
dfrm[i, "end"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@end
dfrm[i, "start"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@start
dfrm[i, "strand"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@strand
dfrm[i, "seqID"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@seqID
dfrm[i, "pos"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@pos
dfrm[i, "pval"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@pval
dfrm[i, "fastaHeader"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@fastaHeader}
str(dfrm)
#--------------------
'data.frame': 54 obs. of 9 variables:
$ Seq : chr "CTGTGTCAACAG" "CTGTGTAAACAC" "CTGAGTCAACAC" "GTGAGTCAACAG" ...
$ chr : chr "chr1" "chr1" "chr1" "chr1" ...
$ start : int 202320096 21451068 22547577 117197889 188010599 36725231 144254018 35024860 35024860 43552181 ...
$ end : int 202320297 21451269 22547778 117198090 188010800 36725432 144254219 35025061 35025061 43552382 ...
$ strand : chr "+" "-" "-" "-" ...
$ seqID : int 23 26 9 8 45 15 30 50 50 38 ...
$ pos : int 93 98 121 82 183 160 142 21 117 104 ...
$ pval : num 2.48e-07 4.44e-07 5.68e-07 6.85e-07 1.31e-06 ...
$ fastaHeader: int 23 26 9 8 45 15 30 50 50 38 ...