Это можно сделать с помощью очень урезанной библиотеки изображений, которая имитирует некоторые функции PIL.Вам нужна функция композит
from google.appengine.api import images
xpng = #Load data from x.png here, or read from BlobProperty
ypng = #Load data from y.png here, or read from BlobProperty
composite = images.composite([(xpng, 0, 0, 1.0, images.TOP_LEFT),
(ypng, 100, 100, 1.0, images.TOP_LEFT)], 400, 400)
#composite now holds your new image data, to do what you want with