Если ваши проекты связаны, то я бы создал один репозиторий в корневом каталоге, а затем добавил бы новую папку для каждого проекта, которым я хочу управлять. Один репозиторий может содержать группу проектов, которая содержит различные проекты.
Если ваши проекты не связаны, то создайте новый репозиторий для каждого проекта. Тогда каждый проект будет принадлежать к другой группе проектов.