В классах CSS для вашего модального всплывающего окна и фона модели вы можете попробовать добавить переопределяющую запись z-index, которая меньше значения по умолчанию для всплывающего меню.Примерно так:
.dialog {
z-index: 99 !important;
}
.dialog-bkg {
z-index: 90 !important;
}
Примените класс "dialog" к вашей модальной всплывающей панели и укажите класс "dialog-bkg" в свойстве BackgroundCssClass класса ModalPopupExtender.
Я не знаюНе знаю, решит ли это проблему с помощью меню при наведении курсора, но, возможно, стоит попробовать.
КСТАТИ - я только что протестировал с версией 4.1.404 Ajax Control Toolkit, и я смог использовать всплывающее меню поверх модального всплывающего окна без каких-либо изменений ...