То, что я сделал, создал новый мастер шаблонов, т. Е. Реализовав интерфейс IWizard.
Эта статья (http://msdn.microsoft.com/en-us/magazine/cc188697.aspx) поможет вам начать работу с пользовательским мастером.
Затем в методе RunStarted () вы сможете получить путь к текущему шаблону, как этот
Path.GetDirectoryName((string)customParams[0])
Также вы можете получить путь, по которому создается проект, используя код ниже
replacementsDictionary["$destinationdirectory$"]
Получив эти значения, выполните обычную копию файла в методе RunFinished ()