Забудьте о типе проекта установки, встроенном в visual studio. Это чрезвычайно ограничивает.
Вместо этого скачайте и установите WiX . Он интегрируется в Visual Studio, но вместо создания установщика с помощью простого интерфейса перетаскивания, вам придется писать XML. Он имеет некоторую кривую обучения, но у вас будет полный контроль над процессом установки.