Ваши комментарии указывают на то, что вы пытаетесь установить несколько экземпляров продукта из одного .msi, указав разные параметры для msiexec.Это не будет работать.Как вы обнаружили, установщик Windows рассматривает ваш MSI как отдельный продукт и не позволяет устанавливать его несколько раз.
Что вам нужно сделать, это заставить ваш MSI установить все разныесервисные экземпляры сразу.Вам нужно будет указать все различные параметры конфигурации для каждой службы в вызове msiexec и выполнить цикл внутри вашего установщика.