Некоторые возможности: 1. Я заметил, что когда QtCreator открывает файл CRLF в Linux, он обрабатывает его как файл CRLF, поэтому вам нужно будет запустить dos2unix только один раз. 2. Работы 'diff --strip-trailing-cr ...'. 3. Как упоминалось в комментариях, большинство систем контроля версий могут быть настроены на локальные или фиксированные окончания строк, поэтому вы можете преследовать проблему в своем инструменте VCS вместо Creator.
Я опробовал различные кодировки в Tools-> Options-> Editor, но, похоже, ни одна из них не влияет на окончание строки (и я удивлен, что у Creator, похоже, нет настройки для этого - но вариант 4 - вы можете всегда получайте исходный код Создателя ...)