Анимация как обмен окнами в карусели? Это естественное поведение при переключении приложений в iOS4, и я не думаю, что вы можете избежать этого.
Что вы можете сделать, это создать inapp UIWebView и использовать его для отображения веб-сайта. Таким образом, вы можете контролировать анимацию, возникающую при переключении между представлениями.