Это случилось со мной не так давно.
Я не мог найти хороший способ решить это, но нашел простой способ, хотя :).
То, что я сделал, было просто:
Создайте новый проект и дайте ему опустеть.
Получите файл .project, который был создан вместе с проектом, и добавьте его в репозиторий git.
Теперь вы можете напрямую импортировать репо как проект.
Довольно просто и просто.