Вы можете добавить ограничение Unique для паспорта
, если вы используете свободно:
mapping.Id( employee => employee.Id);
mapping.Map(employee => employee.passport ).Unique();
В вашем домене, если все сущности наследуются от сущностей, все они будут использовать суррогатные ключи, поэтому вам придется обрабатывать любые другие ограничения