Чтобы иметь разумную возможность перейти на следующую версию, рассмотрите возможность использования плагинов для расширения Liferay: многие типовые настройки доступны в подключаемых плагинах, все доступно в плагине ext.
Если ваши изменения в темах и портлетах, они легко добавляются вместо встроенных.
Это хорошо задокументировано в руководстве по разработке и действительно дает вам все необходимое, отделяя ваши изменения от Liferay (в следующей версии)