Вложите ваши условия. Вы пытаетесь смешать критерии IF с (VALUE) * (TRUE / FALSE), а когда TRUE / FALSE равно FALSE, вы умножаете на ноль. Таким образом, вы отбрасываете пустые ячейки, но искусственно заполняете свой результирующий набор нулями для каждой строки, где столбец D <> 'APRIL TOTALS'! A2.
В качестве формулы массива,
=MIN(IF('APRIL 2011'!E3:E999<>"", IF('APRIL 2011'!D3:D999='APRIL TOTALS'!A2, 'APRIL 2011'!E3:E999)))
Формулы массива должны быть завершены с помощью Ctrl + Shift + Enter↵ (но вы уже знали это!).