Вы можете создать свойство для номера набора изменений следующим образом:
<PropertyGroup>
<ChangesetNumber>SomeDefaultValue</ChangesetNumber>
</PropertyGroup>
и передайте его через командную строку в ваш msbuild следующим образом:
msbuild yourprojectname /p:ChangesetNumber=yourValue
В вашем файле проекта вы бы ссылались на это:
<Target Name="YourCustomTarget">
<YourCustomTask argumentForChangesetNumber="$(ChangesetNumber)" />
</Target>