Ней,
Для этого потребуется внести изменения в build.xml для вашего проекта во Flex IDE.
Там будет целевой узел сборки внутри xml, который будет иметь цель копирования, которая копирует index.template.html в {projectname} .html.
Вместо этого вам потребуется изменить его на index.template.php -> {projectname} .php или "index.php", если вы хотите таким образом.
Вы можете узнать, как внести изменения в build.xml во flex с помощью поиска в Google, а затем немного прочесть о ant, внести изменения и протестировать.
Надеюсь, это поможет.