Я предполагаю, что вы используете базу данных, такую как Hypersonic или SQLLite, где вам нужен путь к файлу.
Вы должны поместить базу данных в CLASSPATH (например, WEB-INF / классы вашей WAR). Получите доступ к нему, используя средство чтения ресурсов classpath, а не абсолютный путь к файлу. Это сделает ваше приложение более портативным, и эти махинации с Tomcat не нужны.