Эта проблема не проблема MFC, а проблема переключателя WIN32.
При создании групп порядок вкладок (порядок создания) имеет значение. Вы должны создать их в порядке первой группы, а затем второй группы. Для первого переключателя в каждой группе должен быть выбран стиль «группа».
Вы должны иметь возможность создавать переключатели в редакторе диалоговых окон Visual Studio и запускать тестовый диалог, и группы радио должны нормально работать в двух группах без какого-либо кода. Если нет, значит, вы сделали что-то не так.
Я нашел это с помощью Google, который может вам помочь.