Unity и Gnome3 отображают значки только в полном разрешении, если вы определяете их в подходящем файле .desktop, например. в ~/.local/share/applications/ и запустите приложение с этим. Там вы можете предоставить свой SVG-файл, и он будет использоваться в полном разрешении.
Если вы хотите убедиться, что среда рабочего стола каким-либо образом находит правильный значок, в соответствии с this вы должны обязательно установить правильный WM_CLASS, например gtk.gdk.set_program_class("my_app"). Затем назовите свой файл .desktop my_app.desktop.
О, и вам следует позвонить gtk.gdk.set_program_class() до set_icon_from_file(), иначе у вас все равно будет дрянное изображение в низком разрешении. Последнее требуется только в том случае, если вы также запускаете свое приложение в Windows, которая не знает файл .desktop.