Эти 2 разные вещи GWT SDK и WindowBuilder могут быть установлены через Eclipse Update, но WindowBuilder не будет работать без GWT SDK.
самый простой способ - использовать плагин Google для Eclipse - http://dl.google.com/eclipse/plugin/3.7 (Eclipse Indigo) выбрать все (или оставить AppEngine, если он вам не нужен) после его установки и затмения Перезагрузить вассделано.«Настройка местоположения GWT» относится к более старым версиям.Теперь это не нужно.
То, что вы сделали "чудом", не идет с этим, я не знаю, когда это будет иметь неприятные последствия для вас с непредсказуемым поведением.