Версии mobi могут быть больше, поскольку они включают устаревший формат mobi, новый формат KF8 и копию оригинального epub, при этом предполагается, что файл mobi был создан с последней версией kindlegen.
Для PDF-файлов, я предполагаю (и это все, что здесь есть), что встроенные шрифты могут быть причиной увеличения размера файла, здесь важна еще одна вещь - оптимизация изображений. В зависимости от настроек оптимизации изображения, использованных при создании PDF-файла, он в значительной степени повлияет на конечный размер файла.
Epub - это просто набор HTML, CSS и графических файлов с несколькими файлами XML для определения метаданных книг, порядка глав и навигации по оглавлению. Файл epub на самом деле представляет собой просто zip-файл с расширением .epub, и, поскольку в нем нет 3 копий одной и той же книги, как в версии Kindle, он всегда будет намного меньше.