Как приостановить шейдер в кадре, чтобы не влиять на другие части рендеринга?
Если я не понял неправильно, вы хотите переключиться обратно на фиксированный конвейер для рендеринга некоторых других частей сцены.
Чтобы отменить привязку любого используемого в настоящее время шейдера, выведите glUseProgam(0);
glUseProgam(0);