Я полагаю, что комментарии о наличии пробелов на месте, чтобы справиться с этим, процитируйте правую часть:
export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:$HOME/src/Cython-0.14.1"
Можете ли вы рассказать, каково текущее значение PYTHONPATH в настоящее время? Возможно с чем-то вроде:
echo $PYTHONPATH | tr : \\n
Таким образом, он разбит на несколько строк и его легче читать.