Единственное решение, с которым я столкнулся, - это использовать регулярные выражения и рекурсивно заменять первый каталог, пока не получится слово без косой черты.
gsub("/\\w*/","/",gsub("/\\w*/","/",getwd()))
Есть ли что-нибудь более элегантное?(и более портативный?)