NLB будет в порядке, однако, если вы используете привязку на основе сеанса (wsHttpBinding или netTcpBinding_, то вам нужно включить липкие сеансы
Если вы хотите полностью бесплатную балансировку нагрузки, тогда HTTP - это то, что нужно, и убедитесь, что у вас нет сеансов. Для минимальных накладных расходов используйте HTTP с двоичным кодировщиком (для этого требуется настраиваемая привязка, хотя она была упакована несколькими людьми - поиск NetHttpBinding)