Если я вас правильно понимаю, вы можете настроить свой собственный JNDI, который будет использоваться вашим приложением для получения объектов DataSource / Connection. Также вы можете передать этот сконфигурированный JNDI в iBatis:
<transactionManager type="EXTERNAL">
<dataSource type="JNDI">
<property name="DataSource"
value="java:comp/env/jdbc/someDataSource"/>
</dataSource>
</transactionManager>