GitExtensions и AppHarbor не очень хорошо сочетаются в моем опыте.
AppHarbor не использует SSH, вместо этого вам предлагается ввести пароль. GitExtensions не распознает это приглашение и не позволяет вводить ваш пароль. Кажется, он просто висит.
Однако графический интерфейс Git в msysgit запрашивает ваш пароль, так что это возможно и что-то, что требует исправления в GitExtensions.
Я только толкаю / извлекаю из AppHarbor лично с CLI.