Я действительно закомментировал из "components / com_content / router.php" следующие строки
//require_once(JPATH_COMPONENT.DS.'controller.php');
//require_once(JPATH_COMPONENT.DS.'helpers'.DS.'query.php');
//require_once(JPATH_COMPONENT.DS.'helpers'.DS.'route.php');
и все вроде работает нормально с sef.Я не уверен, правильно ли я поступил или у меня есть побочные эффекты в будущем.Но пока все работает.