Visual Studio 2008 должна помнить, где находилось ваше окно «Найти и заменить» в последний раз, когда вы его открывали, если в вашей системе что-то не так. Я только что проверил поведение на моем, и, кажется, постоянно появляется там, где у меня в последний раз было это открыто.
Итак, попробуйте переместить его, затем закрыть и снова открыть, оно все еще отображается в неправильном месте?
Кроме того, у вас есть максимизированная визуальная студия на одном мониторе или просто растянутая в не максимизированном состоянии на оба? Работаете ли вы с несколькими мониторами, которые могут изменить это поведение?
В качестве альтернативы вы можете попробовать встроенный поиск (Ctrl + i по умолчанию в VS2008) ... для поиска по одному файлу, как правило, лучше в любом случае.