Чтобы проверить, установлено ли у вас org.eclipse.pde.junit.runtime, перейдите в «Справка-> Об Eclipse», «Сведения об установке», а затем найдите плагин на вкладке «Подключаемые модули» (столбец «Идентификатор подключаемого модуля»). Если его там нет, вы можете установить его с сайта обновлений Eclipse. Если он есть, значит, у вас исправленная установка, и, вероятно, неплохо бы начать ее заново с новой установки Indigo PDE.