Создать время выполнения папки с идентификатором сеанса, таким образом в папку попадают только файлы текущего сеанса пользователя.
temp_uploads/ (main uploads folder)
temp_uploads/_jhk43543h5h435k3453 (session id folder for user 1)
temp_uploads/_jhk43543h5h435k34tr (session id folder for user 2)
temp_uploads/_jhk43543h5h43trtrtg (session id folder for user 3)
вам просто нужно хранить идентификатор сессии для каждого пользователя, что, возможно, вы уже делаете.
счастливая Кодировка:)