Если вы хотите, чтобы все ваши ссылки разрешались в корень, вы можете сделать это на стороне сервера с помощью:
<img src="~/apps/thisapp/images/logo.gif" alt="" runat="server" />
Сочетание корневого оператора тильды ("~ /") и атрибута runat обеспечит разрешение ссылки на стороне сервера.