Если вы действительно хотите масштабировать диаграмму рассеяния, то это то, как ее создать в каждой из 3-х систем построения графиков.
Сначала некоторые данные:
dfr <- data.frame(x = rlnorm(1e5), y = rlnorm(1e5))
В базовой графике:
with(dfr, plot(x, y, log = "xy"))
В решетчатой графике:
library(lattice)
p1 <- xyplot(y ~ x, dfr, scales = list(log = TRUE))
p1
В графике ggplot2 (потребуется установить этот пакет + зависимости):
library(ggplot2)
p2 <- ggplot(dfr, aes(x, y)) +
geom_point() +
scale_x_log10() +
scale_y_log10()
p2