Я думаю, что понял сам. Мое прокручиваемое окно - scrollable_component
, уловка состоит в том, чтобы получить его дочерний элемент, это окно просмотра, и установить его свойство shadow.
gtk_viewport_set_shadow_type(GTK_VIEWPORT(gtk_bin_get_child(scrollable_component)), GTK_SHADOW_NONE);