Я бы сделал это, сначала прочитав все строки текста в коллекцию, если вы уверены, что это будет всего 3 строки, это не вызовет проблемы с памятью, и вам не нужно делать большая обработка ошибок.
ArrayList<String> lines = new ArrayList<String>();
String line = null;
while ((line = inputFile.readLine()) != null){
lines.add(line);
}
Тогда вы можете довольно легко выполнить некоторые операторы if, не перезаписывая предыдущие строки в буфере. (Я предполагаю, что «inputFile» является BufferedReader)