Может кто-нибудь объяснить, почему это так?
Формат файла gzip указан в http://tools.ietf.org/html/rfc1952
Однако разные кодировщики могут создавать разные представления одного и того же файла, которые являются приемлемыми, поэтому, если файл tar был заархивирован разными кодировщиками, размер файла (zip) может отличаться.