Ну, просто измените часть, которая записывает файл, на то, что вы хотите сделать с данными.
while((entry = zis.getNextEntry()) != null) {
System.out.println("Extracting: " + entry);
int count;
byte data[] = new byte[BUFFER];
string filename = entry.getName();
System.out.println("Filename: " + filename);
while ((count = zis.read(data, 0, BUFFER)) != -1) {
// Do whatever you want with the data variable
System.out.println(data);
}
}